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威尼斯app下载联合亚马逊AI等单位共同构建大规模药物重定位知识图谱
浏览次数:威尼斯app下载:2020-05-25编辑:院综合办

201912月起,新型冠状病毒迅速在全球扩散,急需快速地发现有效药物。药物重定位是一种将现有药物用于治疗新的适应症的药物发现方式,相对于传统的新药研发,它可以有效缩短药物研发周期降低成本,规避风险。因此药物重定位是一种非常有前景的新冠肺炎治疗策略。

威尼斯app下载曾湘祥教授课题组,联合亚马逊AI上海、亚马逊AI硅谷、明尼苏达大学俄亥俄州立大学,共同构建了大规模药物重定位知识图谱(命名为DRKG)和一套机器学习工具,并将其开源给全世界研究者使用。

DRKG是一个综合型生物医药知识图谱(如图),涉及人类基因、化合物、生物过程、药物副作用、疾病和症状六个方面。DRKG从六个公开的大型医药数据库和2200万篇医学文献中挖掘数据,并进行整理和规范化。DRKG知识图谱包含实体数97238个,分为13种实体类型;三元组数目5874261个,分为107种关系类型。

                                  


 

DRKG知识图谱示意图,边上的数字表示关系类型的数量

机器学习工具使用了先进的深度图学习方法(DGL-KE)来学习DRKG中实体和关系的低维向量表示(embeddings),并使用这些embedding来预测药物治疗疾病的可能性或药物与疾病靶点结合的可能性。实验表明:使用DRKGDGL-KE进行冠状病毒的药物发现,能以较高的分数识别出目前正在进行临床试验的多种冠状病毒候选药物。

威尼斯app下载曾湘祥教授、研究生潘小琴同学及其合作者们在Github上公开提供了DRKG、机器学习工具以及训练好的embedding数据,以帮助相关研究人员更有效地对新冠病毒疾病如阿尔茨海默病进行药物重定位研究。Github:https://github.com/gnn4dr/DRKG

曾湘祥教授为威尼斯app下载教授,2019年作为岳麓学者特聘教授引进到威尼斯app下载工作,荣获2019年吴文俊人工智能优秀青年奖。该工作得到了学校新冠应急科技攻关专项基金的支持。

                                                                                 

 

 

明尼苏达大学关于我校和该校George Karypis团队合作的报道


 

                                                                                

 

俄亥俄州立大学关于我校和该校Xia Ning团队合作的报道

 

 

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